凝膠滲透色譜儀的基本組成為六通閥、凈化柱、泵等；全自動型主要由樣品進樣和收集系統、泵、分離柱、溶劑及計算機控制系統等組成。

　　凝膠滲透色譜儀的分離原理與通常使用的柱層析的區別主要是：通常柱層析是利用填料、樣品和淋洗劑之間極性的差別來達到分離目的，而凝膠層析儀則是利用化合物中各組分分子大小不同而淋出順序先后也不同而達到分離目的的，淋洗溶劑的極性對分離的影響并不起決定作用；對于凈化含脂肪、色素較多的樣品具有明顯的優勢。

　　凝膠滲透色譜儀色譜柱的安裝和使用：

　　1、在連接色譜柱之前，預先用即將使用的流動相體系置換以前用的流動相體系。

　　2、在連接色譜柱時，要趕走因色譜柱保存不當或長時間不用在色譜柱的進口或者出口處產生的一些氣泡。

　　3、連接色譜柱要注意標示的色譜柱進出口方向。

　　4、如果分析所用的溫度較高，應在較低的流速下比如0.2到0.3ml/min的流速下緩慢地升高溫度，當溫度達到設定溫度后，再慢慢地增大流速至設定值。

　　5、如果色譜柱需要較長的時間才能平衡穩定，檢查色譜柱連接處是否有漏液。